Los ríos que conforman esta subcuenca son: Portete, Irquis, San Agustín, Cumbe y Zhucay.

Esta subcuenca casi en su totalidad está destinada a la ganadería, en especial en la parroquia de Tarqui.

Las partes altas se encuentran cubiertas con pequeños bosques y matorrales nativos, incluyendo el bosque Sunsun Yanasacha, declarado como bosque protector.

Esta subcuenca es la más baja de las cuencas de los cuatro ríos que atraviesan Cuenca, tiene elevaciones moderadas, pero es la más extensa.

El agua del Tarqui luego de pasar por otros ríos llega hasta el río Amazonas y luego al océano Atlántico.