En el lugar del nacimiento existe un Hito Primario, construido de piedras, el cual marca el nacimiento del río y estipula la frontera entre ambos países.
Después de recorrer unos 7 kilómetros, se encuentra el Paso Internacional "San Antonio (Arg) - Santo Antônio" (Br); continuando con rumbo norte hasta desembocar en el Río Iguazú en el paraje conocido como Dos Fronteras.
Sus principales afluentes del lado argentino son el «arroyo Los Patos» y el «arroyo Tacuaras», y por el lado brasileño el «arroyo Liso».
A lo largo de su curso se encuentran el salto Patricio, y los puentes internacionales Comandante Andresito y San Antonio.
Es de hacer notar que durante el Virreinato del Río de la Plata se consideraba que el río San Antonio corría bastante más al este y que tenía sus nacientes en el Cerro de Oyárbide (actualmente en el centro de las fronteras entre los estados brasileños de Río Grande del Sur y Santa Catarina, Argentina ha mantenido hasta por lo menos 1890 que el río llamado por los brasileños "Jangada" es el genuino río San Antonio pese a que el laudo del estadounidense Cleveland hizo retroceder mucho las reclamaciones argentinas y el actual límite corresponde al río que fue llamado San Antonio Miní –San Antonio Chico– al tiempo que el Jangada era llamado por los argentinos San Antonio Guazú –San Antonio Grande–).