Administrativamente, el río discurre por los estados de Colorado, Utah y Nuevo México.

Luego recibe por la izquierda al río White, poco antes de llegar a Trujillo.

En el tramo embalsado, en Nuevo México, recibe por la izquierda al río Los Pinos, que llega desde el norte, de Colorado.

El río llega finalmente a la cola del embalse del lago Powell, al brazo conocido San Juan (San Juan Arm), donde se incorpora al río Colorado.

La presa del cañón Glen fue terminada en 1963 y es la segunda mayor de los EE. UU.

En general, el río San Juan ofrece buena pesca en sus aguas cálidas, lentas y cenagosas.

Para los viajeros, el río San Juan también ofrece una interesante mirada a la historia americana nativa en forma de ruinas y arte rupestre.

El río San Juan, desde Bluff hasta el lago Powell, es administrado por el Bureau of Land Management, con oficina en Monticello.