El condado de San Juan es un condado del estado de Utah, Estados Unidos.

La sede es Monticello y la ciudad más grande Blanding.

[1]​ Fue llamado así por el legislativo del estado de Utah por el río San Juan, que recibió a su vez el nombre de los exploradores españoles, en honor de San Juan.

Según la oficina del censo de Estados Unidos, el condado tiene una superficie total de 20.547 km².

De los cuales 20.254 km² son tierra y 292 km² (1.42%) están cubiertos de agua.