El río Putana, que nace con el nombre arroyo Ojos de Agua del Putana, es un curso natural de agua que nace en el volcán Putana, en la cordillera de los Andes, fluye con dirección general sur hasta su confluencia con el río Jauna, que es donde nace el Río Grande (San Pedro de Atacama).
(No confundir con el río Putani que fluye en el verdadero extremo norte de Chile.)
Otros tributarios de importancia son los que provienen del norte, del portezuelo y de los cerros Tocorpuri; le caen por la ribera derecha para formar el río Putana propiamente tal.
El así formado río Putana gira al sudoeste recibiendo a su principal tributario el río Incahuasi y en el recodo se le une por su ribera derecha el río Jauna que viene directamente desde el norte, proveniente de la falda sudoccidental del volcán Tatio y se dirige al SSE en una longitud de 10 km.
Uno de sus afluentes nace en Bolivia al pie de los cerros Volcanes y Agüita Brava, con lo que transforma su cuenca hidrográfica en una cuenca binacional compartida entre Bolivia y Chile.