Nace en la zona central de Sierra Nevada, atravesando el barranco con el mismo nombre (Barranco del Poqueira), y desemboca en el río Trevélez, poco antes de que este desagüe a su vez en el río Guadalfeo.
El río se escribía anteriormente en español con la grafía Poqueyra,[2][3] actualmente en desuso y desaconsejada por la RAE por su carácter arcaizante.
El río Poqueira forma un impresionante barranco surcado por diversas acequias de origen árabe que permitían un aprovechamiento muy eficaz del agua para el regadío.
En la actualidad, la agricultura ha desaparecido prácticamente dando paso al turismo.
En la margen izquierda del río se asientan las localidades de Capileira, Bubión y Pampaneira.