Nace en el lago Zorkul, a una altitud de 4130 m, y luego fluye hacia el oeste y más tarde al suroeste.
Cerca de la ciudad de Langar, a 2799 m, se une al río Wakhan dando lugar al nacimiento nominal del río Panj.
El Pamir, a lo largo de todo su curso, forma la frontera entre Tayikistán y Afganistán.
Un camino corre a lo largo del río en el lado de Tayikistán hacia Khargush, donde gira hacia el norte para unirse a la carretera del Pamir.
John Wood fue el primer europeo que trató de encontrar la fuente del Oxus (hoy rio Amu Daria), o río Pamir.