El río Nepeña forma parte de la Hoya Hidrográfica del Océano Pacífico.
Sus fuentes nacen en la Cordillera Negra y desembocan en el Océano Pacífico; no obstante, sus aguas no suelen llegan al mar, debido a su escaso caudal, salvo en ocasión de las grandes avenidas causadas por el Fenómeno del Niño, como en los años 2017, 2019[1] y 2023[2].
Descendiendo aún más se une al río Cólcap, el cual luego va a recibir también las aguas de los ríos Cosme y Lampanín; todo esto, en territorio del distrito de Cáceres del Perú.
A partir de los 500 m s. n. m, y descendiendo, el río Nepeña ha formado una extensa planicie de rico terreno sedimentario, el cual ha dado lugar en la historia a importantes asentamientos históricos, desde el Formativo (Cerro Blanco), seguido por los santas (Paredones) y los chimúes (Pañamarca y canales).
La empresa privada Agroindustrias San Jacinto, ha construido varios reservorios de tierra, para el mejor aprovechamiento del recurso hídrico.