Vierte directamente sus aguas al mar Blanco, en la bahía de Mezén.

El Mezén es navegable en sus últimos 200 km, a partir de su confluencia con el Vashka.

Sus principales afluentes son los ríos: El caudal del Mezén ha sido observado durante 29 años (1965-1993) en Malonisogórskaya, una pequeña localidad situada 20 km aguas abajo de la confluencia con el río Vashka, su principal afluente, a 199 km de su desembocadura en el mar Blanco.

Los importantes caudales del Peza no están, por tanto, incluidos en estas cifras.

Las grandes crecidas se desarrollan en mayo (media mensual de 2810 m³/s) y junio.