Es uno de los cuatro ríos que atraviesan el cantón de San José, junto a los río Ocloro, Tiribí y Torres.

Pertenece a la cuenca del río Grande de Tárcoles, que desemboca en el océano Pacífico.

Importantes poblaciones de San José se ubican a la vera del río María Aguilar, como San Francisco de Dos Ríos, Tres Ríos, Hatillo y Zapote, así como varias zonas urbano-marginales.

Como una medida para apaciguar el impacto de la contaminación del río, en 2009 la Municipalidad de San José estableció el Corredor Biológico Río María Aguilar, el cual recorre 21 km del cauce, entre la población de Tres Ríos y la desembocadura en el río Tiribí.

A su vez, se han realizado diversas campañas públicas y privadas dirigidas a limpiar el cauce y restaurar el balance ecológico, incluyendo un programa de reforestación permanente.