El río fluye generalmente en dirección oeste desde la sierra, cruza la parte meridional de la meseta Bemaraha, llega a la llanura costera y a su delta, y desagua en el Canal de Mozambique, al norte de la ciudad de Morombe (21°19′00″S 43°32′00″E / -21.3166667, 43.5333333).
La mayoría de Madagascar ha sido objeto de una grave deforestación durante los últimos 40 años, lo que ha llevado a la extrema erosión del suelo en la cuenca del río Mangoky, como lo demuestran los muchos banco de arena s situados en el cauce del río.
Cargas de sedimentos, de color verde como el lago Ihotry son claramente discernibles al sur del río.
La parte meridional del delta está dominado por sucesivas islas de barrera y una formación de espigones.
En cambio, el norte, la parte protegida del delta está dominado por las mareas y pantanos de manglar .