El río es uno de los pocos ríos del continente que nace en Canadá, y tras un recorrido por Estados Unidos, vuelve a territorio canadiense.

El río discurre primero en dirección sur, entre la vertiente oriental de la cordillera Vermillion (Vermillion Range) y la vertiente occidental de la cordillera Ball (Ball Range).

En este curso alto el río atraviesa el extremo oriental de la Columbia Británica, discurriendo por el interior del Parque Nacional Kootenay.

Recibe por el sur, por la margen izquierda, las aguas del río Fisher (101 km) y pasa frente a las pequeñas localidades de Jennings, Ripley y Libby, donde recibe, también procedente del sur, al arroyo Libby.

A mitad del lago, unos 50 km al norte, el río Kootenay gira hacia el oeste, y entra en su tramo final.

Pasa por Procter, y vira hacia el suroeste, llegando a Nelson (9258 hab.

Desagua al poco, por la margen izquierda y en su curso alto, en el río Columbia, entre las pequeñas localidades de Casteglar (7259 hab.)

En 1865, cuando la euforia inicial ya había pasado y las excavaciones no resultaron ser tan ricas como se creyera, al llegar noticias de descubrimientos en el Big Bend (Columbia), la mayor parte de la población minera abandonó la zona para trasladarse hacia allí en masa.