El río fluye generalmente hacia el sur y el oeste a través de la cordillera del Panteón, recogiendo numerosos arroyos afluentes.

Por debajo del arroyo Colwell, el río se ensancha brevemente en el lago Klinaklini.

[9]​ A medida que el Klinaklini gira más directamente hacia el sur, se une desde el noroeste con el río Klinaklini del Norte, que está formado por las aguas de deshielo de muchos glaciares.

[10]​ Tras su confluencia con el río Klinaklini del Norte, el Klinaklini principal fluye hacia el sur a lo largo del lado occidental de las cordilleras de Pantheon y Waddington.

El arroyo Tumult, afluente del río Klinaklini del Oeste, fluye desde el glaciar Tumult[10]​ Debajo de la confluencia con el Klinaklini del Oeste, el río Klinaklini fluye hacia el sur a través de un valle relativamente ancho hasta su desembocadura en la cabecera de Knight Inlet, justo al oeste de la desembocadura del río Franklin .