Su principal afluente es el río Cotaxtla, con el que se une a la altura del poblado del mismo nombre.
En 1518, la expedición de Juan de Grijalva recorrió por primera vez la zona, nombrando al río Jamapa como Río de Banderas, debido a que, cerca de su desembocadura, se dio el primer contacto entre los conquistadores y los mexicas, a quienes avistaron desde sus embarcaciones agitando banderas blancas; de ahí el nombre.
Se trataba de una embajada enviada por Moctezuma Xocoyotzin para comerciar productos con los europeos.
Según las crónicas españolas, se intercambiaron productos como guajolotes, tortillas, zapotes y oro, por productos como camisas de castilla y cuentas de cristal de venecia.
“…estaban en posta y vela muchos indios del gran Montezuma en aquel río, con unas varas muy largas y en cada vara una bandera de manta de algodón, blanca, enarbolándolas y llamándonos, como que parecían eran señal de paz, que fuésemos adonde estaban.”.