Es una importante vía de transporte fluvial, ya que es navegable casi en todo su recorrido.
A esta acción se le conoce con el nombre de Operación Fénix, la cual se realizó sin la autorización del gobierno Ecuatoriano generando una confrontación diplomática entre Colombia por un lado y Ecuador y Venezuela en el otro.
El Putumayo se dirige hacia el sureste, abandonando pronto la montaña andina y llegando a la localidad colombiana de Puerto Asis (que contaba con 88 000 hab.
Unos 120 km aguas abajo recibe, también por su margen derecha, a su segundo gran afluente, el río San Miguel, también muy caudaloso, cerca de Puerto Ospina.
Finaliza el tramo fronterizo y el río se interna nuevamente en Colombia durante un corto tramo, en el que cierra por el norte la parte de territorio colombiano llamada «Trapecio amazónico» y alcanza la pequeña ciudad de Tarapacá (3950 hab.
La margen izquierda, que corresponde al lado colombiano, se caracteriza por ser más elevada que la margen derecha y por esta circunstancia se encuentra en este tramo la mayor densidad de población, apreciándose igualmente grandes extensiones cubiertas de pastizales destinados a la ganadería.
También se forman bancos de arena que crean islas a lo largo del río.