Entre sus múltiples valores naturales destacan el blenio de río (Salaria fluviatilis), presente solo en tres ríos andaluces, el endemismo borgallo malagueño (Scualius malacitanus), presente únicamente en este río, el Guadalmina y el Genal, y varias libélulas amenazadas como Macromia splendens , Gomphus graslinii y Oxygastra curtisii.

[4]​ Así mismo el río presenta buenas poblaciones de nutria, martín pescador, barbos Barbus scatleri, bordallos Squalius pyrenaicus y bogas Chondrostoma wilkommii.

También destacan por su singularidad los pinares autóctonos de Pinus pinaster desarrollados sobre las peridotitas; estos pinares no son fruto de plantaciones sino que forman bosques naturales sobre estas rocas ultrabásicas junto a Juniperus oxycedrus y Quercus coccifera.

En las últimas décadas debido al sobrepastoreo de ganado caprino y los incendios, los pinos están desplazando a los Quercus de algunas zonas del valle debido a que las cabras devoran los ejemplares más jóvenes de estos árboles y desprecian los del pino.

En estos bosques hay varios endemismos vegetales andaluces propios de peridotitas como Arenaria capillipes, así como diversas especies de mamíferos y aves amenazados, destacando la cabra montesa, el corzo morisco y el águila perdicera.