En su curso superior, durante los primeros 30 km en Montana, cerca de Butte, el río es conocido como arroyo Silver Bow.

y al poco, al comienzo del valle, llega a una pequeña zona represada, la del lago Thorton, donde el arroyo cambia su nombre para pasar a llamarse río Clark Fork.

El río se encamina hacia el norte por el fondo del valle hasta llegar a Deer Lodge (3.421 hab.)

y luego sigue aguas abajo hasta que el valle se cierra.

LLega el río en este tramo a las pequeñas localidades de Garrison (112 hab.

Sigue aguas abajo en dirección Noroeste, en la parte final del amplio valle que va cerrándose cada vez más, llegando a Primrose, Frenchtown (883) y Huson.

El río abandona el valle por entrar en otro largo valle mucho más estrecho, que discurre primero en dirección este y luego noroeste por la vertiente noreste de la cordillera Bitterroot («Bitterroot Range»), atravesando el Bosque Nacional Lolo.

Aquí el río describe un par de amplias y cerradas curvas, tras la que recupera el mismo rumbo Noroeste.

A orillas del embalse están los pequeños pueblos de Trout Creek (261 hab.)

Muchas de las zonas más contaminadas han sido designados como sitios «Superfund» (la ley Superfund («Superfondo») fue creado para proteger a las personas, familias y comunidades de residuos tóxicos altamente contaminados en sitios que han sido abandonados).

Pese a ello, el río y sus afluentes se encuentran entre los destinos más populares para la pesca con mosca en los Estados Unidos.

Hoy en día, la cuenca del Clark Fork comprende el mayor Superfund en los Estados Unidos.

Como un mega-sitio, que incluye tres grandes sitios: Butte, Anaconda, y presa Milltown/río Clark Fork.