El club comenzó como San Juan, antes de ser nombrado Club Deportivo Obrero, el club pronto cambió su nombre en honor al club de fútbol argentino Racing de Avellaneda.
Después de cambiar de nombre, ganaron su primer título en 1953, siendo promovidos a la Liga B (actualmente conocida como División Tercera), durante las siguientes dos décadas el club permanecería en la división, sin embargo, en 1970, el club derrotó al equipo local Club Leones para ser promovido a la Liga de Ascenso (actualmente conocida como Segunda División).
El club estuvo cerca de ascender a la división de primera en 1983 y 1985, sin embargo, fueron derrotados en ambas ocasiones por Chalatenango y Dragón respectivamente.
El club sería relegado a Tercera División.
En 2012, Racing Jr se vengó de Chalatenango al ganar el partido de playoff.