En 1991, debutó en Segunda División A al frente del CD Castellón, pero dimitió antes de finalizar la temporada, con el equipo en 12.º puesto tras 32 jornadas.
[1] Poco después, fichó por el Hércules CF,[2] al que ascendió a Segunda División y lo dejó en una cómoda 7.ª posición en la categoría de plata.
[9] También trabajó con cuatro equipos en la Segunda División en la década de 2000: UE Lleida,[10] CD Numancia,[11] Recreativo de Huelva[12] y Albacete Balompié,[13] descendiendo a Segunda B con el conjunto catalán y ascendiendo a Primera con el club soriano.
[15] Desde 2007[16] y hasta 2010[17] (en diferentes etapas), Hernández entrenó en Grecia, llevando al Aris Salónica Fútbol Club a la sexta posición en la Superliga de Grecia, y sufriendo el descenso con el Levadiakos FC -al que ya había dirigido brevemente en la campaña 2006-07-.
[18] Pese a que le costó mucho hacer al equipo funcionar, terminó la temporada 2011-12 consiguiendo el objetivo de la permanencia y obteniendo una buena posición en la clasificación.