El origen etimológico de la palabra Querecheguas proviene del idioma mapuche como una variación castellanizada de «Kechurewe», que quiere decir «cinco rehues», como metonimia de "cinco lugares", pues cada comunidad mapuche tenía este altar como símbolo.

Del mismo modo, un aillarehue (ayllarewe = nueve rehues) era una forma de organización territorial y política.

Durante el otoño de 1868 se suscitó la batalla de Quechereguas en los actuales territorios de esta localidad, entre las tropas del Ejército de Chile, comandadas por el entonces teniente coronel Pedro Lagos y las fuerzas mapuches, lideradas por el cacique Quilapán, teniendo como resultado final el triunfo del bando indígena.

Los soldados republicanos habían construido un pequeño fortín en las inmediaciones que fue destruido y abandonado.

[1]​ Formó parte del Departamento de Temuco como su 17a subdelegación.