Antigua fortaleza militar construida a partir del siglo XIII, el tramo de la alcazaba actual se remonta al imperio almohade, cuando capturaron la ciudad los almorávides y destruyeron la anterior fortificación.

Es entonces cuando estos tuvieron que erigir un palacio y una mezquita, llamada al-Mahdiyya en honor a su ideólogo, el Mahdí Ibn Tumart.

Durante este periodo, la Alcazaba también sirvió de base para los ejércitos almohades que partían hacia la conquista del Ándalus.

La república se convirtió en un activo centro comercial que atrajo otros andalusíes así como «renegados» europeos, judíos y comerciantes cristianos.

A Fez, el sultán Abd ar-Rahmán ibn Hisham los vence y acaba acordando su desplazamiento hacia el entorno de Rabat, donde serán finalmente instalados en la alcazaba.