Está situada a orillas del río Irgiz, afluente del Volga, a 245 km al sudeste de Sarátov.

El origen de Pugachov se remonta a la sloboda Mechetnaya, fundada en 1764 por viejos creyentes que regresaban de Polonia.

Catalina II había promulgado un decreto en 1762 para la colonización de la llanura del Volga.

En 1835, recibió el estatus de ciudad y fue rebautizada como Nikoláyevsk (Никола́евск), en homenaje al zar Nicolás I.

En 1918, la ciudad recibió el nombre del líder de la insurrección cosaca Yemelián Pugachov (1740-1775), por iniciativa del líder bolchevique Vasili Chapáyev.