Está situado a la margen derecha del río Magdalena.

Puerto Wilches tiene bajo su jurisdicción los siguientes Centros poblados: El Municipio se encuentra a una altitud promedio de 75 m s. n. m., su extensión se caracteriza por ser una zona muy calurosa y húmeda, pues su temperatura oscila entre los 25 y 40 C°, y actualmente el promedio es 33 °C (ver isla de calor), antes solo alcanzaba 29 °C.

La mayor parte del territorio es plano con algunas ondulaciones, orillales bajos, terrazas, pantanos y ciénagas.

Estas actividades agropecuarias se ubican en zonas con características geográficas y biofísicas diferentes, lo mismo que la producción agrícola, determinándose así zonas definidas en cuanto a su uso actual y potencialidad.

Predominan las llanuras aluviales y varios niveles de terraza, sometidas a inundaciones periódicas, que conlleva a una fertilidad mediana en las tierras altas, y muy propensa en la zona de vega y rivera de los ríos.