[1]​ Puentedey se emplaza en el curso medio del río Nela, donde el cauce deja atrás los tramos más cerrados del río y comienza a fluir más lentamente a lo largo de su cuenca baja.

Igualmente, en sentido noroeste el terreno crece en altura a lo largo de una cuesta limitada por la antedicha peña, conocida como Paño.

De un paisaje formado por pequeñas fincas minifundistas, dedicadas a la agricultura de subsistencia y separadas o limitadas por muros de piedra seca, además de pequeños bosques conocidos como "agesteaderos" (en los que descansaba el ganado del sol canicular) en la actualidad los campos que rodean a Puentedey se encuentran cubiertos por una densa fronda compuesta por su Comunidad clímax: como zona limítrofe entre el clima más atlántico y otro más continental, algunas zonas presentan vegetaciones más adaptadas a un clima y otras al otro.

El terreno no sólo se halla antropizado por la explotación económica tradicional del lugar.

Puentedey, como pueblo rural, presenta un núcleo urbano caracterizado en primer lugar por el puente natural.

Desde este núcleo primigenio, conocido como La Torre y caracterizado por una evidente arquitectura montañesa, se realizaron ensanches en barrios como La Bárcena, La Revilla, El Barrio y más recientemente, con construcciones de la segunda mitad del siglo XX, El Aguau o el camino de Rojo.

El modelo de casa rural tradicional en Puentedey se corresponde con la citada arquitectura montañesa.

La planta baja generalmente ocupa la cuadra para los animales y otros espacios de trabajo.

En la actualidad, esta línea ferroviaria, clausurada en el año 1985, forma parte de la Vía verde F.C.

El entorno geográfico inmediato a Puentedey posee importantes yacimientos arqueológicos estudiados en las últimas décadas, y aún en proceso de investigación.

[5]​ La posterior neolitización, con toda su implicación histórica, se plasmó en el megalitismo presente en el Dolmen de Busnela.

La caída del imperio romano supuso para Hispania, como para todos los territorios bajo su égida, un desmembramiento político y territorial que dio paso a la Alta Edad Media.

En el caso concreto de Hispania, el control bajo los visigodos dio paso a la invasión islámica.

[15]​ El núcleo se completa con edificaciones de típica arquitectura montañesa, creando la estampa que da fama al pueblo.

Si bien esta habla se encuentra en práctica desaparición en la actualidad, sus restos permanecen en la toponimia de Puentedey, con topónimos como La Bárcena, El Marucu, El Aguau, El Cantu, etc.[21]​