Aunque su estructura es medieval, el puente ha sido intervenido y modificado en varias ocasiones.
Destaca la modificación que llevó a cabo en 1778 el arquitecto Alfonso Rodríguez Regalado, cuyo proyecto fue aprobado por la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando.
El Puente de Villalonquéjar[1] es un puente medieval, su trazado se corresponde con la antigua calzada romana que iba de Tarragona a Astorga.
Durante la época medieval y la Edad Moderna, formó parte del camino directo a la ciudad de Burgos.
Este puente tiene sillares de trasdós y estribos abujardados.