Se llaman pueblos de misión a los fundados por misioneros de diversas congregaciones (dominicos, franciscanos, capuchinos, jesuitas y otras) con población mayoritariamente indígena durante la época colonial en América.
Los misioneros se establecían en una zona y trataban de atraer a los indígenas quienes, trabajando en cayapa (trabajo cooperativo entre los indígenas) podían llegar a construir viviendas sólidas y pueblos de acuerdo con las especificaciones dictadas en las ordenanzas de Felipe II del siglo XVI.
Por otra parte, también los misioneros sufrieron en carne propia tanto los excesos y crueldades que los soldados y conquistadores cometieron con los indígenas, como las propias acciones de respuesta bélica de los indígenas, sobre todo en un principio.
Los primeros pueblos de misión fueron fundados por los dominicos, tanto en las Antillas como en el continente (Venezuela).
Durante este período se fundan misiones en territorios agrícolas sin riquezas minerales, que eran prácticamente desechados por los conquistadores, cuyo poblamiento se concentraba en las zonas marítimas o mineras más importantes económicamente.