Después de estas excavaciones, Richard Wetherill buscó tener control del cañón para sus propias ganancias personales, incluyendo además de Pueblo Bonito, a Chetro Ketl y Pueblo Del Arroyo.

Él buscó unas leyes de protección para sí mismo sobre las ruinas, las cuales fueron invalidadas por la General Land Office en 1904 fue así como el gobierno federal estadounidense toma posesión formal de esas tierras, pidiéndole a Wetherill que parara con toda excavación hasta esa fecha, el cual continuo corriendo un establecimiento comercial hasta su muerte en 1910.

Unas "Gran Kiva" se encuentran puestas en cada lado del muro, creando un patrón simétrico común en la mayoría de las Grandes casas.

En adición de las gran kivas, otras treinta kivas (estructuras ceremoniales) han sido encontradas, las más grandes medían 22 metros (66 pies) las cuales se encuentran asociadas con el Gran patio central.

A principios del siglo pasado, las estructuras eran vistas como pequeñas ciudades, acomodando muchas personas en un cuarto, así desde esta perspectiva en el tiempo de mayor auge en Pueblo Bonito, pudieron haber sido varios miles de personas viviendo en este emporio comercial.

Aunque la capacidad de Pueblo bonito pudo albergar a una gran población, es posible que no haya sido ni una ciudad o aldea, debido al entorno o el medio ambiente impropicio para sostener una gran población.

Una sugerencia común entre los arqueólogos es que Pueblo bonito pudo haber sido un centro espiritual de reunión entre las diferentes tribus pueblo, debido a la presencia de las Kivas las cuales han sido comúnmente usadas para funciones rituales al igual que los otros lugares dentro del Cañón chaco.

[12]​ En el Cañón del Chaco más de doce construcciones parecidas a pueblo Bonito, estas son llamadas Great Houses o Grandes Casas al igual que Pueblo Bonito, Estas son algunas: entre otras.