Al año siguiente, sale a la venta su álbum It Takes a Nations of Millions to Hold Us Back, el cual poseía canciones mezcladas con grabaciones del concierto dado el 3 de noviembre de 1987 en Londres para el Def Jam Tour por Europa ("Terminator X to the Edge of Panic", "Rebel Without a Pause").

[5]​ Durante este período, uno de los miembros del grupo, Professor Griff, causó una polémica al mencionar en una entrevista que "todo lo malo en el mundo ocurría por los judíos".

[6]​ Las giras continuaron, y tras dos años de espera, lanzaron su cuarto álbum, Apocalypse 91... The Enemy Strikes Black.

De este álbum fueron populares las canciones "By the Time I Get to Arizona" y "Bring tha Noize", la cual era una versión rap metal de su canción "Bring the Noise", interpretada por Public Enemy y Anthrax.

En 1994, Public Enemy lanzó uno de sus álbumes más raros, titulado Muse Sick-N-Hour Mess Age.

[cita requerida] El álbum incluía novedades, Chuck D mejoró su voz, variando de un canto melódico (acompañando a Flavor Flav en "What Kind of Power We Got?")

Además aparecía una batería en todas las canciones, la cual daba un estilo más crudo a la banda, que les valió comparaciones sarcásticas con grupos de rock alternativo.

A pesar de sus innovaciones, solamente se hizo popular la canción "Give it Up".

El álbum comenzó un período declinante de la banda, ya que sus ventas y posiciones en las listas disminuyeron.

Chuck D, por ejemplo, ha sido entrevistado en distintos documentales sobre la historia del hip hop.

Esto se contraponía a los versos Flavor Flav, quien tenía un aspecto y letras menos serias.