El espectacularmente crestado Nyctosaurus es a veces incluido en esta familia, aunque usualmente es situado en su propia familia, los Nyctosauridae (Nicholson & Lydekker, 1889).

S. Christopher Bennett y Alexander Kellner han concluido que Nyctosaurus no era un pteranodóntido.

[2]​ Sin embargo, esta definición no ha sido aceptada por otros paleontólogos.

Alexander Kellner, por ejemplo, nombró varias especies adicionales para especímenes previamente clasificados como Pteranodon, y sitúo a P. sternbergi en un género distinto, Geosternbergia.

Kellner redefinió a Pteranodontidae como el grupo formado por el más reciente ancestro común de Pteranodon longiceps, Geosternbergia sternbergi y Dawndraco kanzai, y a todos sus descendientes.