Poco después de su ordenación se le manifestó una grave enfermedad que le acompañaría por el resto de su vida.
Por la misma debió ausentarse en varias ocasiones de la vida conventual.
Prudencio de la Cruz fue detenido por los milicianos del Bando republicano, durante la guerra civil española, junto al resto de la comunidad trinitaria del Santuario de la Cabeza.
Se hospedó en un domicilio particular con otros dos religiosos de la comunidad.
[2] El 31 de julio, los milicianos prendieron a Prudencio junto a otro religioso de su orden, Segundo de Santa Teresa, y otros tres vecinos laicos de Andújar, les sacaron de la casa donde se hospedaban y en plena calle fueron asesinados a tiros por la espalda.