El programa fue ideado para identificar y "neutralizar" (vía infiltración, captura, tortura, terrorismo, o asesinato) a la infraestructura civil que apoyaba a la insurgencia del Frente Nacional de Liberación de Vietnam (FNLV o Viet Cong).

[1]​ La CIA lo describió como «un conjunto de programas que pretendían atacar y destruir la infraestructura política del Viet Cong».

Las PRU se encargaban de matar o capturar a sospechosos, así como a civiles que se creía podrían tener información sobre las actividades del Viet Cong.

Muchos de ellos ni siquiera eran franceses sino legionarios, senegaleses o vietnamitas.

Se preveían elecciones para reunificar las dos zonas dos años después, pero los Estados Unidos, que no firmaron los acuerdos, apoyaron a Ngô Đình Diệm, quien rechazó los acuerdos de paz, instauró un régimen autoritario y empezó a perseguir duramente a toda la oposición, sobre todo a los budistas, caodaístas y comunistas, lo que desembocaría en 1958 en el reinicio de las hostilidades y la formación en 1960 del Frente Nacional de Liberación (FNL).

[nota 1]​ La pérdida del poder en Indochina, generó que fueran reemplazados inmediatamente por Estados Unidos, llegando la CIA en 1954.

Entre tanto los franceses habían desarrollado una amplia red de inteligencia distribuida en todo el sector.

Se financiaba a la antigua usanza, es decir, gracias al narcotráfico de opio.

La inteligencia militar francesa estaba enteramente financiada por el narcotráfico de Indochina.

[12]​[9]​[10]​[11]​ Los miembros del OAS fueron amnistiados por François Mitterrand (PS), y una amnistía general para todos los criminales de guerra fue declarada en 1982.

Hacia 1967 esta red tenía entre 70 000 y 100 000 miembros a través de Vietnam del Sur.

En áreas leales al gobierno de Saigón, la protección contra las fuerzas norvietnamitas, o incluso contra las guerrillas del NLF, estaban a menudo comprometidos porque los jefes de las villas eran asesinados, los hacían explotar con bombas o los partidarios del gobierno eran ejecutados.

[17]​ La neutralización no era arbitraria y debía hacerse bajo leyes especiales que permitían el arresto y la prosecución de ciertas personas sospechosas de ser comunistas pero solo dentro del sistema legal.

Entre 1968 y 1972, Phoenix neutralizó 81 740 a miembros del NLF de los cuales 26 369 fueron asesinados.

En 1970, los planes comunistas repetían enfáticamente atacar el programa de pacificación del gobierno marcando específicamente a oficiales Phoenix como blancos.

Los partidarios afirmaban que la meta primaria era capturar, no asesinar, en orden a recoger información.

Sin embargo, las operaciones descentralizadas en un ambiente poco claro pudieron conducir a abusos.

[18]​ En muchas ocasiones, rivalidades entre los aldeanos, pudieron reportarse como "Viet Cong" para que las tropas norteamericanas los asesinasen,[21]​ como ocurrió muchas veces en Latinoamérica en el marco de la Operación Cóndor.