[1]​ Sirvió en la 82.ª División Aerotransportada y fue reclutado por la inteligencia del ejército de Estados Unidos durante ese tiempo.

[2]​ Durante esta operación ganó la reputación como el más temible asesino de la CIA en Latinoamérica.

Trabajó estrechamente con Tracy Barnes, William D. Pawley, David Atlee Phillips, John Martino, Johnny Roselli, y el infame Ted Shackley.Fue elegido dentro de la Operación 40.

Se sugirió que Morales era el hombre de apariencia Latina visto con Lee Harvey Oswald en Nueva Orleans en 1963.

Morales dijo a amigos que él personalmente había eliminado varias figuras políticas.

[1]​ Larry Hancock cree que durante este período se prestó asesoramiento a los gobiernos de derecha (Bolivia, Paraguay, Uruguay, Chile, Brasil y Argentina) como parte de la Operación Cóndor.

[8]​ Además, E. Howard Hunt confesó en su lecho de muerte a su hijo St.

John Hunt que él y muchos otros, que incluían a Morales, William King Harvey, Cord Meyer, y el Vicepresidente Lyndon B. Johnson, estuvieron involucrados en un complot para asesinar a JFK.