La sede de la YMCA en la Avenida Bolívar (Pueblo Libre) acogió los primeros partidos jugados en el país.
Durante los años 70, Dante Vargas y el Instituto Nacional de Recreación intentaron, sin éxito, promover el deporte.
La denominación División Superior se mantuvo hasta 2010 cuando empezó a llamar de la manera actual.
Recién en 2004 el canal CMD (hoy Movistar Deportes) empezó a cubrir los partidos y el campeonato adquirió mayor relevancia.
Este sigue siendo el logro máximo de un club peruano en torneos internacionales.
También otro logro sucedió cuando en agosto de 2005 el Club Túpac Amaru campeonó en el torneo internacional Copa Integración realizada en Guayaquil, Ecuador.
A partir de la temporada 2018, la Federación Peruana de Fútbol decidió reorganizar el fútbol sala en una nueva liga: Futsal Pro, que cuenta con dos divisiones Primera y Segunda y, para la segunda mitad del 2019, llegó a un acuerdo con TV Perú para la transmisión de los partidos.
El descenso se decidía en una tabla acumulada que sumaba los puntos del apertura y clausura.
En los playoffs, los cuatro participantes se enfrentaron por eliminación directa a partido único en dos llaves de semifinales (1.° vs.
En el pasado envió uno o dos representantes de manera continua desde 2002 a excepción de la temporada 2013 en la que la Zona Norte no se jugó y por lo tanto no hubo clubes peruanos en el torneo continental.
El campeón del torneo nacional se clasificó para dicho certamen.
Debido a la pandemia COVID-19, no se disputó la Copa CONMEBOL Libertadores Futsal 2020.
Durante el 2022 se disputó el torneo Pre-Libertadores para determinar al representante peruano a la Copa Libertadores de Futsal 2022 ya que debido a la pandemia, no se disputó el torneo de Primera División Futsal Pro en las temporadas 2020 y 2021.