En este torneo formó parte del Grupo B de la Zona Norte, donde jugó dos partidos (1 victoria y 1 derrota), clasificando en segundo lugar a la semifinal de esta zona.
En el año 2007, la «U» participó nuevamente en el torneo continental, en esta edición se ubicó en la Zona Norte, donde solo consiguió una victoria y un empate que no le alcanzaron para pasar a la siguiente fase.
En 2008, el club fue campeón del Torneo de Verano venciendo 3:1 en la final al Deportivo JAP.
Por cambios en la administración del club desapareció el equipo de fútbol sala, pero en el año 2011 se decidió retomar la historia en este deporte.
En la final Universitario ganó los dos partidos 5:3 y 3:2 al Deportivo Overall coronándose campeón de la Liga Futsal Pro.
Sin embargo, en el año 2007, el Kansas dejó de participar en los torneos y desapareció.
Estos resultados consecutivos en los últimos años han ido constituyendo una creciente rivalidad entre ambos clubes en el futsal peruano.