A partir de 2008, la primera división se juega a nivel nacional y otorga un cupo a la Copa Libertadores de América Femenina; siendo el club Association White Star de Arequipa el primer campeón nacional y el primer representante del fútbol femenino peruano en la Copa Libertadores Femenina.

Asimismo, destacan Sporting Cristal con su bicampeonato metropolitano (1998-1999) y JC Sport Girls con su tricampeonato nacional (2010-2011-2012).

[6]​ Sin embargo, debido a la falta de apoyo y reconocimiento oficial, el desarrollo del fútbol femenino se vio obstaculizado durante mucho tiempo.

Habría que esperar hasta 1996 en que la Federación Peruana de Fútbol decidió organizar por primera vez un torneo oficial de clubes, naciendo así la primera división del fútbol femenino en el Perú.

Dicho logro sería luego igualado por el Sporting Cristal al hacerse con los títulos de los años 1998 y 1999.

[14]​ En el año 2005, la FPF decidió no realizar un torneo para priorizar la participación en los Juegos Bolivarianos de 2005.

Este nuevo formato fue designado como Campeonato Nacional de Fútbol Femenino, e incorporó al anterior Campeonato Metropolitano de Fútbol Femenino en su etapa regional como Región IV (Lima & Callao).

La etapa nacional tuvo formato de eliminación directa y estaba conformado por 8 equipos ganadores de las regiones del país, permitiendo desde el año 2009 que el equipo campeón clasificara a la Copa Libertadores Femenina.

Alianza Lima consiguió el bicampeonato, mientras que Sport Boys y Universidad Técnica de Cajamarca fueron los primeros descendidos a la Copa Perú Femenina 2023.

Asimismo, algunos equipos compitieron en la Copa Perú en su Etapa Regional, como Alianza Lima, Flamengo FBC y Universitario en 2019, cuando fungía como máxima división.