En el año 2000, Melgar por primera vez presentó un equipo oficial que afrontó la Liga Femenina de Arequipa.

[7]​ Al mes siguiente se confirmaba que Melgar participaría de la Copa Perú Femenina 2022, en búsqueda del ascenso a primera división.

[8]​ En la Etapa Provincial, lograron 2 victorias y 1 empate, lo que le permitió avanzar a las semifinales.

[9]​ En la final perderían 1-3 ante la Escuela Deportiva Stella Maris,[10]​ sin embargo pudieron avanzar a la Etapa Departamental.

Realizado el sorteo, Melgar tuvo que enfrentar a Sporting Victoria de Iquitos, Loreto.

Posteriormente, Fiorella Machaca, Maricielo Mamani y Fernanda Cervantes anotaron sus penales, mientras que el equipo rival hizo lo mismo.

Sofía Aguayo fue la encarga de ejecutar el quinto penal, aunque la portera rival le atajó su disparo.

[18]​ Goleadoras: A lo largo del torneo, el equipo anotó 83 goles, distribuidos de la siguiente manera: Para la temporada debut en la Liga Femenina FPF, se tomó la decisión de que asuma Javier Uturunco como el director técnico del equipo, mientras que Lucy Rodríguez pasaría a ser su asistente técnica.

[20]​ El debut en la Liga Femenina FPF 2023 se haría de visitante y en Trujillo, para enfrentar a la Universidad César Vallejo.

[23]​ En las próximas fechas el equipo no levantaría cabeza, ya que en las siguientes siete fechas solo consiguieron una victoria, de locales 3-1 ante Deportivo Municipal,[24]​ mientras que empatarían dos partidos y perderían en los otros cuatro, incluyendo una derrota de local por 0-8 ante Universitario.

Una derrota en la penúltima fecha por 9-0 como visitantes ante Alianza Lima las marginarían a disputar los play-offs por el descenso.

A lo largo del año, algunas jugadoras fueron convocadas para la selección nacional, en sus categorías juveniles.

[39]​ Aunque se aseveraba que Uturunco continuaría al mando del equipo,[40]​ el día 12 de febrero, se confirmó como nuevo director técnico a Víctor Balta,[41]​ exfutbolista en la posición de defensa, que tuvo un paso por el equipo masculino entre los años 2012 y 2014.

Se destacó que nueve futbolistas (sin contar a Vargas, Parada y Aguayo) que siguieron en el plantel hasta fin de temporada no continuarían, destacándose la ausencia de Benny Chávez y Maribel Ugarte, aunque esta última no había sido presentada aún debido a la lesión que acarreó desde el año pasado.

Previo al comienzo del torneo, Alexa Zevallos y la ex-Melgar, Sofía Aguayo, fueron convocadas para el Campeonato Sudamericano Femenino Sub-17.

Zevallos jugaría en los cuatro partidos y aportaría con una asistencia en la victoria por 1-0 ante Venezuela, siendo este el único gol que la selección hizo durante el torneo.

Con Yaquelin Sucapuca como nueva capitana del equipo, empatarían 1-1 con gol de Erika Laucata, tras comenzar perdiendo.

[48]​ En la segunda fecha conseguirían su primera victoria, jugando en La Tomilla ante la Universidad César Vallejo, con un solitario gol de la debutante Raquel Bilcape, tras una gran acción individual.

En la cuarta fecha, tras un partido luchado, tendrían su primera derrota tras caer 1-2 de local ante Alianza Lima.

[54]​ En la novena fecha conseguirían una victoria clave tras vencer de local por 1-0 a Sporting Cristal.

Ante las íntimas caerían 4-0[73]​ y contra las cremas perderían 4-1,[74]​ anotando Karina Franco el descuento tras un gran remate desde fuera del área.

Víctor Balta Lucy Rodríguez Braulio Medina Willy Escapa Enzo Samanez Daysi Villagra (menores) Shiomara Huirse