En torno al presidio y gracias al comercio se asentó la población que dio lugar a la actual San Elizario que comprendía los familiares de los soldados y resto de población, incluidos los nativos apaches asentados.[1] Tras la independencia de México continuó siendo empleado por el ejército mexicano.Debido a las avenidas del río Bravo de 1740 y 1829 quedó sobre la Ysleta.Durante la guerra mexicano-estadounidense fue ocupado en 1847 por las tropas del estadounidense Doniphan.[2][3] De las instalaciones del presidio únicamente se conserva la Capilla del Presidio [1], reformada en 1870, que se encuentra en el Registro Nacional de Lugares Históricos.