Desde su creación el puesto ha estado dominado por el partido Agrupación Popular para el Progreso, hasta la actualidad, solo dos personas han desempeñado este cargo.

Pronto, su imagen comenzó a deteriorarse cuando hizo una campaña salvajemente impopular de prohibir el consumo de khat, una hoja masticable que sirve como un narcótico suave, pero a la vez, su consumo excesivo puede causar daños cerebrales.

La polémica de su campaña llegó a tal extremo, que por poco derribaron al recién creado gobierno, y decidió poner fin al proyecto.​[1]​ En 1981 se generó nuevamente otra polémica, cuando modifica la constitución, introduciendo la doctrina del partido único y la ilegalización de partidos opositores a su gobierno.​[2]​ En 1999 el presidente Aptidon abandonó el poder y fue sucedido por su sobrino Ismail Omar Guelleh, vencedor de las elecciones presidenciales de ese año, y actual presidente del país.

El presidente tiene amplios poderes pues determina la política de la nación y ejerce el poder ejecutivo (artículo 30).

Ante el presidente deben acreditarse las misiones diplomáticas de los países extranjeros residentes en Yibuti (artículo 37).