La prefectura apostólica de las Islas Marshall (en latín: Praefectura Apostolica Insularum Marshallensium y en inglés: Apostolic Prefecture of the Marshall Islands) es una circunscripción eclesiástica latina de la Iglesia católica en las Islas Marshall, agregada a la provincia de la arquidiócesis de Agaña.

La prefectura apostólica tiene 181 km² y extiende su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito latino residentes en las Islas Marshall.

En 1919 los japoneses expulsaron a todos los misioneros extranjeros de las Islas Marshall y la prefectura apostólica quedó abandonada, hasta que la Santa Sede logró entablar negociaciones para la entrada de misioneros de un país neutral en sustitución de los capuchinos alemanes y los Misioneros del Sagrado Corazón.

Entre estos había hecho una contribución notable el padre August Erdland, que estudió la gramática del idioma marshalés, compiló un diccionario y tradujo el catecismo a la lengua local.

En lugar de los misioneros expulsados en 1922, llegaron 22 jesuitas españoles, que tuvieron que reconstruir la misión tras los graves daños sufridos durante su forzado abandono.