Port Blair fue restablecida en 1858, como lugar para construir una colonia penal británica.

Los convictos, la mayoría presos políticos, estaban condenados a prisión perpetua y trabajaban en condiciones degradantes.

Muchos terminaron ahorcados, mientras que otros morían por enfermedades o de inanición.

[1]​ Como el Movimiento de Independencia Indio continuaba creciendo hacia fines del siglo XIX, un enorme recinto penitenciario llamado Cellular Jail fue construido entre 1896 y 1906.

Entre 1943 y 1944, Port Blair fue la sede central del denominado Gobierno provisional para una India libre y su Ejército Nacional Indio, bajo control de Subhas Chandra Bose.