Las entidades están basadas territorialmente en las posiciones que sobre el terreno tenían las fuerzas que estaban sosteniendo el conflicto armado en el momento en que se firmaron formalmente los Acuerdos de Dayton, en atención a los cambios en la estructura étnica de Bosnia y Herzegovina producto de la guerra.
El distrito federal de Brčko, que se encuentra en el norte del país, fue creado en el añο 2000 por fuera del territorio de estas entidades, es así que oficialmente pertenece a las dos entidades, pero ninguna de ellas lo gobierna y el poder gubernamental, es local y se encuentra descentralizado.
Este gobierno nacional está basado en representación proporcional similar al que existía en el anterior régimen socialista y se encarga de los asuntos exteriores, económicos y fiscales.
Desde 1995 el Alto Representante ha tenido capacidad para evitar la asamblea parlamentaria electa o eliminar los agentes elegidos.
Los métodos seleccionados por el Alto Representante se ven a menudo como dictatoriales.
El Consejo se encarga de desarrollar varias políticas y decisiones en los ámbitos de diplomacia, economía, relaciones interétnicas y otros asuntos acordados por las entidades.
Los miembros de la presidencia que dimitieron ante presión por la Agencia del Alto Representante han sido: Mirko Šarović, Ante Jelavić, Dragan Čović.
La Asamblea Parlamentaria o Parliamentarna skupština es el principal cuerpo legislativo en Bosnia y Herzegovina.
La Cámara de los Pueblos incluye quince delegados que permanecen dos años.
Para las elecciones de 2010 los votantes en la Federación de Bosnia y Herzegovina eligieron 22 miembros en cinco circunscripciones mediante representación proporcional, mientras que los siete escaños restantes se cubrieron mediante representación proporcional compensatoria.
Estos harán sus funciones hasta los 70 años, a no ser que dimitan o sean depuestos por alguna causa.
La jurisdicción original del Tribunal Constitucional consiste en decidir cualquier disputa constitucional que surja entre las entidades o entre Bosnia y Herzegovina y una o varias entidades.
El Tribunal Estatal también trata el crimen organizado, el económico y los casos de corrupción.