El título de ciudad le fue otorgado por Catalina II la Grande en 1791, cuando Rusia estaba conformando los distritos principales, nombrando gobernadores y creando nuevas ciudades.

La familia Ulianov vivía en Podolsk, razón por la cual Lenin visitó la ciudad en varias ocasiones, e incluso tuvo una pequeña finca y casa allí.

En 1900 organizó en Podolsk una reunión con los socialdemócratas de Moscú y otras ciudades con el fin de obtener su apoyo para el periódico Iskra.

En 1971, Podolsk fue premiada con la Orden de la Bandera Roja del Trabajo; en aquella época había más de setenta fábricas operando en la ciudad, en las que trabajaban la mayor parte de sus habitantes.

En 2000 se creó una gran base militar a 1,1 kilómetros de la ciudad.