La Ciudadela, edificio del cual la plaza tomó su nombre, fue diseñada originalmente para ser una fábrica de tabacos.

[1]​ La construcción la llevó a cabo el ingeniero Miguel Constanzó y fue concluida en 1807.

[1]​ La plaza cubría originalmente una superficie mayor, pues al edificio de La Ciudadela lo rodeaban totalmente amplias áreas ajardinadas (por haberse construido en una zona despoblada), las que se fueron reduciendo progresivamente hasta llegar a tener sus dimensiones actuales.

En 1912, a iniciativa de la Asociación del Colegio Militar, ahí se levantó un monumento dedicado a Morelos al conmemorarse el centenario del sitio de Cuautla.

Desde 1996 la plaza es ocupada por personas que gustan del baile, entre ellos, el danzón.