El 12 de octubre de 1997, como parte del desarrollo del videojuego Gothic, la empresa Piranha Bytes Software GmbH fue fundada por Alex Brueggemann, Michael Hoge, Stefan Nyul y Tom Putzki.
En 1999, la empresa Piranha Bytes Software GmbH se convirtió en una subsidiaria de propiedad total de Phenomedia AG.
Todos los accionistas son empleados de Plutón 13 GmbH.
Después de JoWooD Entertainment se declaró en quiebra en 2011, Piranha Bytes comenzó un nuevo acuerdo de distribución con la empresa que adquirió JoWooD, Nordic Games GmbH.
En julio de 2015, Piranha Bytes anunció un videojuego RPG con temas de ciencia y fantasía conocido como ELEX, que fue publicado por la empresa THQ Nordic.