Fue elegido para el parlamento en 1948 y llegó a ser ministro de Defensa en 1966.

Como presidente, promovió una ambiciosa política exterior, desarrollando un programa secreto de armas nucleares en colaboración con Israel y permaneciendo firme en la ocupación sudafricana del territorio vecino de Namibia (o África del Sudoeste, como Botha insistía en que debía ser llamado).

En Estados Unidos y en Gran Bretaña hubo un debate sobre la posibilidad de establecer sanciones comerciales para debilitar a Botha y al régimen de la minoría blanca, pero al final no se hizo nada.

[cita requerida] El gobierno de Botha realizó algunos cambios al régimen del apartheid.

Así mismo, se concedieron ciertos derechos políticos a los de "color" (coloured en afrikáans) que son los sudafricanos de ascendencia mixta entre blanca y no blanca y a los indios.