Phosphatodraco está basado en el holotipo OCP DEK/GE 111, hallado en 2000, el cual está compuesto de cinco vértebras cervicales halladas en asociación, si bien estaban desarticuladas y comprimidas y un hueso de origen desconocido.

Se cree que las vértebras cervicales forman la serie desde la quinta (la más larga con una longitud de treinta centímetros) a la novena.

Es inusual entre los azdárquidos por tener vértebras alargadas en la base del cuello (también con espinas neurales), interpretadas como vértebras dorsales modificadas; el cuello es también uno de los más completos conocidos entre los azdárquidos.

Fue uno de los últimos pterosaurios que vivió justo antes de que la extinción masiva del Cretácico-Terciario diera fin al grupo, y es el primer azdárquido que se encontró en el África del Norte.

El nombre científico de la especie se refiere a Mauretania.