Solo el Episodio III es un Videojuego de rol, también En línea, que utiliza cartas.
Son los que más técnicas de diferentes tipos dominan en el juego.
Tiempo después salió Phantasy Star Online Episodios I y II Plus exclusivamente para Game Cube, que corregía algún fallo del juego.
Esta versión es descargable desde la página oficial de Phantasy Star Online: Blue Burst.
Así llegan al bosque donde pudieron observar como los animales locales habían mutado y se habían vuelto salvajes, también encontraron signos de que habitaron los miembros del Pioneer 1 ese lugar así como mensajes de Rico Tyrell, una prestigiosa Hunter e hija del gobernador.
Elly Person decide bajar también a las minas, ella está enamorada de Calus y recibió un mensaje de él diciéndole que estaba en las minas y quería reunirse con él.
Pero durante todo el trayecto mientras iban cruzando las minas iban llegando nuevos mensajes de Calus esta vez pidiéndoles que abandonaran las instalaciones y Elly empieza a preocuparse por el repentino cambio de opinión.
Calus fue salvado por Elly antes de ser corrompido y la IA Olga fue transportada a un laboratorio subacuático.
Al derrotarlo se deja ver un teleportador que lleva al grupo a unas especie de Ruinas pero la puerta parece cerrada, encuentran un cuarto pilar que al activarlo abre la puerta y allí el grupo fue atacado por formas de vida desconocidas, mientras iban avanzando por las minas los mensajes de Rico les cuenta que hubo una gran guerra entre los militares y una criatura demoniaca en ese lugar y fue en esa batalla donde el comandante de los militares Healthcliff Flowen fue infestado con un parásito que fue creciendo dentro de él hasta matarlo.
Avanzando más por las ruinas, las grabaciones de Rico revelan que no estaban en unas ruinas sino en una nave construida para contener a una entidad oscura conocida como Dark Falz.
Tras la derrota de Dark Falz son los laboratorios del gobierno de la Pioneer 2 los que requieren los servicios de los Hunters para ir a Ragol hasta la isla de “Gal Da Val” donde se cree hay un laboratorio, pero antes para certificar la cualificación para bajar hasta la isla el grupo tuvo que pasar por un simulador que agrupa a todos los enemigos enfrentados hasta ahora en dos fases: El Templo y la Nave.
Con la llegada de la Pioneer 2 a Ragol también se formó una facción contra el propio gobierno, denominados “Arkz”, fundados por un hombre al que le llaman “Red”, quienes intentan evitar por todos los medios que se explote los recursos de Ragol oponiéndose al uso de la tecnología C.A.R.D.
Los dos grupos forjan su camino y descubren que mientras el gobierno experimenta con the germ para la tecnología de clonación, se está intentando crear bio soldados con el material genético de las hijas gemelas de Red: Pollux y Castor que ambos grupos tuvieron que derrotar.
Después de que la fuente fuese destruida la Pioneer 2 por fin aterrizó en Ragol y empieza la colonización del planeta.
Episodio IV Con todos los problemas sucumbidos en Ragol, la Pionner 2 sigue desplazándose en la nave, donde de repente, un meteorito del propio universo se desplaza libremente hasta que un extraño láser impacta en él, intentando derribar la Pionner 2.
Con la derrota de dicha criatura, la paz en Ragol vuelve a estar estable.
También, otra variable de esta criatura es Shambertin, que se descubre mediante la misión Point of the Disaster, teniendo una puntuación de 3000 puntos mínimos en el equipo, siendo solamente posible su participación entre los miembros del equipo.