Pfitzer fue desde un principio seguidor y defensor de la sistemática de Carlos Linneo.
Creó en 1886 el género Paphiopedilum (el nombre procede del griego "Paphia", de "Paphos", epíteto de "Venus" y "pedilon" = "sandalia" o "zapatilla" aludiendo a la forma del labelo como una zapatilla), perteneciente a la familia Orchidaceae.
Pfitzer describe y establece en 1888 el género Eulophidium, un género pequeño, perteneciente a la familia de las orquídeas (Orchidaceae), que se encuentran en el África tropical y Madagascar con una especie en Brasil.
Pfitzer revisa el género de orquídeas Phragmipedium en 1903, y establece cinco alianzas o secciones.
También en ese mismo año hace una revisión del género Paphiopedilum, por él establecido en 1886.