Luego jugó en el Austria de Viena durante seis años, equipo con el cual ganó tres Bundesligas consecutivas.
Regresó al Austria de Viena y también jugó en el VfB Admira Wacker Mödling.
Stöger fue internacional absoluto con Austria en 65 partidos en los que marcó 15 goles.
[4] El conjunto alemán se mantuvo en la élite sin problemas en las dos temporadas siguientes; y en la Bundesliga 2016-17, obtuvo el 5.º puesto, logrando clasificarse para la Liga Europa.
FC Colonia, fue contratado por el Borussia Dortmund hasta final de temporada.