Su hermana Fruma y sus tres hijos, así como otros 150 familiares, permanecieron en Polonia, donde murieron en el Holocausto.

En 1950, fue invitado a enrolarse en el servicio de seguridad del nuevo Estado judío, Mosad, como experto en explosivos y por sus conocimientos en artes marciales.

Malkin logró detenerlo cuando Beer entregaba documentos confidenciales del gobierno israelí en la embajada soviética.

Pero su participación más renombrada se produjo en mayo de 1960, cuando encabezando un comando israelí viajó a Argentina, logrando ubicar, secuestrar y llevar hasta Israel al jerarca nazi Adolf Eichmann, en la denominada Operación Garibaldi.

[2]​ El agente israelí le tenía tanta aprensión a su presa que se había comprado unos guantes de cuero para evitar tocarlo.